Twaalf jaar na zijn overwinning op Huis Harkonnen regeert Paul Atreides als keizer vanaf de woestijnplaneet Arrakis - maar zijn overwinning heeft diepgaande gevolgen gehad. Oorlog is naar het hele bekende universum gebracht en miljarden zijn al omgekomen. Paul wordt geconfronteerd met de gevolgen van zijn macht en de verantwoordelijkheden die daarbij komen kijken, en hij moet de uitdaging aangaan om een balans te vinden tussen zijn rol als overheid en zijn morele verplichtingen.
De belangrijkste personages in Dune Messiah zijn Paul Atreides, zijn vrouw Chani, zijn zus Alia en de mysterieuze antagonist Scytale. Paul worstelt met zijn rol als messias en de verwachtingen die mensen van hem hebben. Chani wordt een belangrijk steunpunt voor Paul, terwijl Alia met haar eigen demonen kampt. Scytale, een machtsstrijder van de Bene Tleilax, voelt de druk om Paul te ondermijnen en biedt een unieke invalshoek op de politieke intriges in het verhaal.
In Dune Messiah komen thema's als macht, verantwoording, en de gevolgen van profetie naar voren. Paul wordt geconfronteerd met de ethische dilemma's die voortkomen uit zijn status als messias en de bloedige oorlog die op zijn naam is. Het boek verkent ook de thema's van identiteit en zelfopoffering, terwijl Paul de impact van zijn beslissingen op zijn familie en volgelingen onder ogen ziet.
Dune Messiah verschilt van het eerste boek, omdat het zich richt op de gevolgen van macht en de lasten van leiderschap, in plaats van de opkomst van Paul Atreides. Terwijl het eerste boek zich concentreert op het ontstaan van zijn kracht, benadrukt Dune Messiah de morele en emotionele complicaties die met macht komen. Er is minder actie en meer nadruk op karakterontwikkeling en politieke strategie.
De setting van Arrakis is cruciaal voor Dune Messiah, omdat het de basis vormt voor de politieke strubbelingen en de cultuur van het verhaal. De woestijnplaneet is niet alleen een bron van kostbare specerij, maar symboliseert ook uitdagingen, overlevingsstrijd en de kracht van de natuur. De unieke geografie en sterke religieuze tradities van het volk van Arrakis spelen een belangrijke rol in Pauls reflecties over zijn leiderschap en de impact van zijn heerschappij.