Het orgel van Sweelinck is bijzonder vanwege zijn rijke klank en de techniek die toegepast werd in zijn composities. Sweelinck gebruikte het instrument niet alleen om te begeleiden, maar ook als een solo-instrument waarbij zijn virtuoze spel en diepgaande kennis van de harmonieën tot uiting komen. Bovendien inspireerde hij vele orgelbouwers met zijn innovaties en muzikale ideeën.
In de muziek van Sweelinck wordt het orgel vaak gebruikt voor liturgische doeleinden maar ook in de concertzaal. Het diende als instrument voor zowel begeleiding van zang als voor solo uitvoeringen. Zijn werken zijn veelzijdig en variëren van eenvoudige melodieën tot complexe contrapuntische stukken, waardoor het orgel een prominente rol speelt in zowel de religieuze als de seculiere muziek.
Sweelinck componeerde een breed scala aan muziek voor het orgel, waaronder variaties, fantasieën, en tafelellen. Zijn werk omvat ook bewerkingen van bestaande melodieën, waarbij hij zijn eigen creatieve stempel drukte op de stukken. Deze composities zijn vaak zeer technisch en vragen om een hoog niveau van speltechniek, wat ze uitdagend en interessant maakt voor organisten.
Sweelinck heeft een belangrijke rol gespeeld in de ontwikkeling van de orgelmuziek in Nederland. Zijn benadering van het orgelspelen inspireerde zowel zijn tijdgenoten als latere generaties. Hij wordt vaak gezien als een brug tussen de renaissance- en barokperiode, en zijn stijl en technieken invloedrijk waren voor vele organisten en componisten die volgden.
Een belangrijk kenmerk van de orgelstukken van Sweelinck is de combinatie van complexe contrapuntische lijnen met een rijke harmonische structuur. Dit maakt zijn muziek niet alleen technisch uitdagend, maar ook zeer expressief. Daarnaast zijn zijn stukken vaak ook voorzien van improvisatorische elementen, wat aangeeft dat hij de vrijheid gaf aan uitvoerders om hun eigen interpretatie aan het werk toe te voegen.