Xenosaga behandelt verschillende belangrijke thema's zoals de menselijke existentie, de zoektocht naar kennis en de strijd tussen goed en kwaad. Het verweeft filosofische vragen en maatschappelijke kwesties door de rest van het verhaal, wat het voor spelers die geïnteresseerd zijn in diepere betekenissen heel boeiend maakt.
Xenosaga onderscheidt zich van andere JRPG's door zijn complexe verhaal en diepgaande character development. Terwijl veel JRPG's traditionele fantasy-elementen gebruiken, duikt Xenosaga in sci-fi en filosofische concepten, wat het een unieke ervaring maakt in het genre.
De verhaalstructuur van Xenosaga is niet-lineair en bestaat uit verschillende hoofdstukken die thema's en verhaallijnen met elkaar verweven. Dit zorgt ervoor dat spelers steeds meer te weten komen naarmate ze verder spelen, en het houdt hen betrokken bij de groei van het verhaal en de personages.
Xenosaga heeft een rijk scala aan personages, elk met hun eigen achtergrond en ontwikkeling. Hoofdpersonages zoals Shion, KOS-MOS en Wilhelm hebben complexe relaties en evolueren doorheen de spelervaring, wat hen menselijke diepgang geeft en spelers in hun zoektocht meesleept.
Typische gameplay elementen van Xenosaga omvatten turn-based gevechten en een diepgaand systeem van character customization. Spelers kunnen verschillende vaardigheden, aanvallen en items combineren om hun strategieën te verbeteren en een optimale ervaring te creëren voor elke uitdaging.