Als in 1204 kruisridders Constantinopel plunderen, redt de 65-jarige Baudolino de historicus Niceta Acomiantus. Tijdens hun vlucht vertelt Baudolino over zijn ongelooflijke avonturen. Van eenvoudige komaf ontmoet hij als dertienjarige keizer Frederik I Barbarossa, die onder de indruk is van zijn gewiekstheid. Aan het hof wordt hij de vertrouweling van de vorst en reist mee naar veldslagen. Zijn adviezen, een mix van naïviteit en boerenslimheid, worden gerespecteerd en Barbarossa leunt zwaar op zijn oordeel. Baudolino beweert grote invloed te hebben gehad op het politieke handelen van de keizer en daarmee op het verloop van de geschiedenis.