Een nieuwe supervisor heeft drastische veranderingen doorgevoerd in Gil Grissoms bedreven CSI-team door Catherine Willows, Nick Stokes en Warrick Brown naar een ander team over te plaatsen. Maar dat betekent niet dat hun wegen zich niet meer kruisen. Want al snel moeten beide teams de krachten bundelen om twee gruwelijke moorden te onderzoeken, die op een wonderlijke wijze veel met elkaar gemeen hebben aangezien het bewijsmateriaal nagenoeg identiek is. Ondanks het verschil in werkwijze komen de teams al snel op het spoor van twee imperfecte misdaden die samen wel eens één perfecte misdaad zouden kunnen zijn.