Word een elitesoldaat van de speciale eenheid, een zogenoemde Ghost, met een bijzondere missie op Auroa. De afgelegen archipel ergens in de Stille Oceaan heeft het contact met de buitenwereld verloren nadat Skell Technology vijandig werd. De Wolves, een gedeserteerd speciaal team dat wordt geleid door je oude strijdmakker, hebben de boel overgenomen en maken jacht op jou. Leid je team over het eiland en red de burgers, zonder dat je gezien wordt.